Confira abaixo um tutorial ensinando passo-a-passo!

Primeiramente, deve-se baixe a rom e os dois programas abaixo (no caso do emulador, esqueça o que você já tem. Baixe esse.):
- No$GBA 2.6a
- eNDryptS

Vamos lá!

1 – Descompacte a rom
2 – Descompacte o enDryptS na mesma pasta que ela
3 – Abra o programa, e essa tela aparecerá:

Clique para aumentar!

4 – Aperte 1, para iniciar o processo. Ao terminar, você verá a mensagem "1 rom(s) succefully patched." em azul. Feche o programa.
5 – Abra o no$GBA, vá em Options > Emulation Setup e em "Reset/Startup Entrypoint", coloque a opção "GBA BIOS (Nintendo logo)". Dê OK e vá em Options > Save Options caso queira salvar essas configurações (as roms de outros jogos não precisam dessas alterações). É recomendável que deixe esse emulador configurado só para HGSS.
6 – Abra a ROM e a seguinte tela irá aparecer:

7 – Então, é só seguir apertando o botão A e o jogo funcionará normalmente. Eis uma prova de como ele funciona:

Então é isso, pessoal!
Façam os passos corretamente e o jogo rodará perfeitamente!

Até mais!

Tutorial Feito por August Henri do blog: http://pokmonsilverchronicles.blogspot.com